Die Geschichte der Knochenkirche beginnt um 1278, als König Ottokar II. Přemysl von Böhmen einen Abt vom Zisterzienser-Kloster Sedletz nach Jerusalem entsandte. Auf seiner Rückreise brachte Abt Heinrich eine Handvoll Erde vom Kalvarienberg mit und verteilte sie über den Klosterfriedhof, der dadurch zu heiligem Boden erklärt wurde.

Darauf hin entwickelte sich der Friedhof zu einem beliebten Bestattungsort. Sogar Menschen aus Polen, den Niederlanden und Bayern ließen sich hier beisetzen.

Die Pestepidemien im 14. Jahrhundert und die Hussitenkriege (1419-1436) führten zu Erweiterungen und zur Überbelegung des Friedhofs. Viele Menschen mussten in Massengräbern bestattet werden.

Im frühen 15. Jahrhundert wurde auf dem Friedhof eine zweigeschossige Kirche errichtet. Während im Obergeschoss ein Altarraum eingerichtet wurde, diente das Untergeschoss der Einlagerung der beim Bau aus den entfernten Gräbern exhumierten Gebeine.

Zur Verkleinerung des Friedhofs wurden auch weitere Gräber exhumiert und die Gebeine im Untergeschoss eingelagert. Diese Arbeit verrichtete angeblich ab 1511 ein halbblinder Zisterziensermönch, welcher auf diese Weise systematisch vier große Knochenberge mit den Gebeinen von etwa 40.000 Menschen anhäufte.

Im 19. Jahrhundert kaufte die Fürstenfamilie Schwarzenberg das Kirchengebäude und beauftragte 1870 den Holzschnitzer František Rint aus Skalitz mit der Innenausstattung. Anstatt Holz sollte er dafür die eingelagerten Knochen verarbeiten. František Rint fertigte das gesamte Inventar aus den Knochen von etwa 10.000 Menschen.

Die Knochenkirche diente unter anderem als Filmkulisse für Dungeons & Dragons (2000) und die Dokumentarserie Long Way Round (2004). Auch die Jugendserie „TKKG“ griff die Geschichte der Kirche in der Folge „Klassenfahrt zur Hexenburg“ auf.

Foto- und Filmaufnahmen vom Inneren der Kirche sind seit dem 1.1.2020 nur noch mit schriftlicher Genehmigung möglich. Diese muss vor dem Besuch beantragt werden.